测序技术的发展测序技术的发展（测验）1、以下哪一项不属于dna测序的范畴
a、桑格尔测序
b、扩增子测序
c、宏基因组测序
d、转录组测序
2、通过微生物dna测序，不能得到下列哪项信息？
a、微生物物种信息
b、微生物基因信息
c、微生物代谢速率
d、微生物生态网络
3、以下对桑格尔测序的说法，不正确的是_______。
a、桑格尔dna和蛋白质测序因为贡献巨大，因此分别获得过诺贝尔奖。
b、第二代测序是基于桑格尔测序的方法。
c、基于桑格尔方法的测序因为成本高昂而被后续方法替代。
d、桑格测序所用的dntp包括datp、dctp、dgtp和dttp。
4、dna 测序中，将所获得的dna片段随机进行测序，然后再将短的序列拼接进行分析的技术称为_____。
5、本章介绍的第三代测序技术包括pacbio smrt seq和______两种。
r语言基础r语言入门测验1、现在你将用r语言安装一个名为“dplyr”的软件包，请写出它的命令__________。
2、你已经使用read.csv()命令打开了一个数据文件，并命名为data1，现在你想在r中打开data1，应该使用的命令是_____。
数据可视化（一）ggplot小测验1、在使用ggplot做数据可视化之前，需要进行数据准备，以下哪个软件包能够实现数据类型由宽型到长型数据的转变？
a、tidyrss
b、tidyr
c、tidymv
d、tidytree
2、使用plyr软件包时，哪个命令可以增加一个新的变量？
a、mutate
b、select
c、filter
d、arrange
3、ggplot软件包中，facet函数的作用是什么？
a、设置具体绘图样式
b、修改坐标轴
c、将同一图中包含不同小图
d、设置主题样式
4、使用ggplot做柱状图，应该使用哪个命令？
a、geom_bar
b、geom_histogram
c、geom_line
d、geom_point
5、你已经做了一个散点图，并暂存为scatter，这时你想为该图添加一个标题"awesome"，应该输入的命令是_____(提示：”scatter “需要的命令）。
数据可视化（二）ggplot小测验（二）1、在ggplot2的主题方案设置中，axis.ticks.y的作用是（）
a、控制y轴的粗细
b、控制y轴的颜色
c、控制y轴的刻度
d、控制图例的背景
2、你已经绘制了一个命名为queen的ggplot对象，现在想将其改为无背景、无网格线的样式，且图的标题字体加粗、大小为12磅，新绘制的对象保存为king。所需要的命令为（）
a、king<-theme_classic() theme(plot.title=element_text(face="bold",size=12))
b、king<-queen theme_classic() theme(plot.title=element_text(face="bold",size=12))
c、king<-queen theme_bw() theme(plot.title=element_text(face="bold",size=12))
d、king<-queen theme_bw() theme(axis.ticks=element_line(color="grey",size=1.2))
3、课件中介绍的基于ggplot2的拓展包中，哪一个可以进行图形化操作（）
a、ggsci
b、ggthemeassist
c、ggthemr
d、ggthemes
4、自定义散点图中点的颜色所用的命令为（） （注：请探索其他选项的用法）
a、scale_colour_manual()
b、scale_linetype_manual()
c、scale_shape_manual()
d、scale_size_manual()
5、相较于ggtech，ggsci程序包提供的方案更常用于学术期刊发表（）
扩增子测序扩增子测序小测验1、扩增子数据分析的质量控制（qc）步骤中，质量评分（quality score）为q20所代表的含义为（）
a、测序的错误概率为99%。
b、测序的错误概率为90%
c、测序的正确概率为99%
d、测序的正确概率为90%
2、下列哪项数据库不能用于扩增子测序后的otu预测（）
a、rdp数据库
b、kegg数据库
c、silva数据库
d、greengenes数据库
3、下列哪种文件不是使用uparse方法预测otu表所必须的（）
a、32位或者64位的usearch程序
b、测序数据
c、rdp等比对数据库
d、环境因子矩阵
4、在扩增子测序的质量控制这一步骤中，在执行./usearch11 -fastq_mergepairs sh_r1.fq -relabel @ -fastq_maxdiffs 10 -fastq_pctid 80 -fastqout sh.fq之后，输出的文件为（）
a、sh_r1.fq
b、sh_r2.fq
c、sh.fq
d、sh.fa
5、32位版的usearch软件，相较于64位版的usearch软件，能够处理体积更大的测序数据。
微生物定量生态学微生物定量生态学单元测验1、在用phyloseq对微生物群落数据进行探索性数据分析的时候，一个phyloseq对象包括以下哪些内容（）
a、微生物丰度表
b、微生物分类信息
c、环境因子信息
d、以上都可以
2、在phyloseq软件包中，用来绘制热图的命令是（）
a、plot_bar()
b、plot_heatmap()
c、plot_ordination()
d、plot_net()
3、下列哪项不属于非限制性排序方法（）
a、主成分分析（pca）
b、对应分析（ca）
c、主坐标分析（pcoa）
d、典范对应分析（cca）
4、利用phyloseq软件包中的plot_richness()命令计算微生物群落α多样性指数的时候，需要使用未经归一化的数据，而不是归一化之后的数据。
5、利用方差分解（vpa）分析，可以分析单独一种或一组环境因子对微生物群落变异的影响。
微生物生态网络分析微生物生态网络分析单元测试1、以下哪个软件包无法实现微生物生态网络可视化（）
a、igragh
b、gephi
c、ggtree
d、cytoscape
2、一个微生物生态网络的属性，不包括以下哪一项()
a、节点数量（number of vertices）
b、节点位置（position of vertices)
c、边数量（number of edges）
d、连接数（connectance）
3、在使用软件进行微生物生态网络可视化的时候，无法修改那种特征（）
a、节点的相对大小
b、边的颜色
c、节点的颜色
d、边的数量
4、通常来说，微生物之间的相互作用是随机的过程，因此，微生物网络的连接度分布往往呈现正态分布。
5、微生物生态网络分析只能够判别不同微生物之间是否有相互作用，但无法判别相互作用的方向性。
宏基因组测序宏基因组测序单元测验1、假设你正在计划一个实验，目的是研究稻田土壤中微生物抗生素抗性基因（antibiotics resistance genes，args）的分布，并探索新的耐药基因，以下哪种研究方法更适合（）
a、扩增子测序
b、转录组测序
c、宏基因组测序
d、以上都不适合
2、在宏基因组测序数据中，仅包含了细菌、古菌和真核生物的遗传信息，无法探测到病毒的遗传信息。
期末考试期末考试——客观题1、在r语言中，安装名为“dplyr”的软件包，所需的命令为（）。
a、install.packages(“dplyr”)
b、install.package(“dplyr”)
c、install.package(dplyr)
d、install.packages(dplyr)
2、你已经使用read.csv()命令打开了一个数据文件，并命名为data1，现在你想在r中打开data1，应该使用的命令 是_____。
a、view(data1)
b、head(data1)
c、rm(data1)
d、library(data1)
3、使用plyr软件包时，哪个命令可以增加一个新的变量？
a、mutate
b、select
c、filter
d、arrange
4、使用ggplot做柱状图，应该使用哪个命令？
a、geom_bar
b、geom_histogram
c、geom_line
d、geom_point
5、在ggplot2的主题方案设置中，axis.ticks.y的作用是（）。
a、控制y轴的粗细
b、控制y轴的颜色
c、控制y轴的刻度
d、控制图例的背景
6、在ggplot2中，自定义散点图中点的颜色所用的命令为（）
a、scale_colour_manual()
b、scale_linetype_manual()
c、scale_shape_manual()
d、scale_size_manual()
7、扩增子数据分析的质量控制（qc）步骤中，质量评分（quality score）为q20所代表的含义为（）
a、测序的错误概率为99%。
b、测序的错误概率为90%
c、测序的正确概率为99%
d、测序的正确概率为90%
8、在phyloseq软件包中，用来绘制热图的命令是（）
a、plot_bar
b、plot_heatmap
c、plot_ordination
d、plot_net
9、下列哪项属于限制性排序方法（）
a、主成分分析（pca）
b、对应分析（ca）
c、主坐标分析（pcoa）
d、典范对应分析（cca）
10、以下哪个软件包无法实现微生物生态网络可视化（）
a、igragh
b、gephi
c、ggtree
d、cytoscape
11、通过微生物dna测序，能得到下列哪几项信息（多选）？
a、微生物物种信息
b、微生物基因信息
c、微生物代谢速率
d、微生物生态网络
12、下列选项中，属于第三代测序的技术是（多选）
a、pacbio smrt seq
b、oxford nanopore
c、16s测序
d、桑格尔测序
13、以下对桑格尔测序的说法，正确的是_______（多选）。
a、桑格尔dna和蛋白质测序因为贡献巨大，因此分别获得过诺贝尔奖。
b、第二代测序是基于桑格尔测序的方法。
c、基于桑格尔方法的测序因为成本高昂而被后续方法替代。
d、桑格测序所用的dntp包括datp、dctp、dgtp和dttp。
14、下列哪项数据库可以用于扩增子测序后的otu预测微生物物种（多选）
a、rdp数据库
b、kegg数据库
c、silva数据库
d、greengenes数据库
15、在用phyloseq软件包对微生物群落数据进行探索性数据分析的时候，一个phyloseq对象包括以下哪些内容（多选）
a、微生物丰度表
b、微生物分类信息
c、环境因子信息
d、测序原始数据
16、32位版的usearch软件，相较于64位版的usearch软件，能够处理体积更大的测序数据。
17、利用phyloseq软件包中的plot_richness()命令计算微生物群落α多样性指数的时候，需要使用未经归一化的数据，而不是归一化之后的数据。
18、通常来说，微生物之间的相互作用是随机的过程，因此，微生物网络的连接度分布往往呈现正态分布。
19、微生物生态网络分析只能够判别不同微生物之间是否有相互作用，但无法判别相互作用的方向性。
20、在宏基因组测序数据中，仅包含了细菌、古菌和真核生物的遗传信息，无法探测到病毒的遗传信息。
期末考试——主观题1、假设你目前的课题是比较三种阔叶林森林土壤微生物群落。通过调查，你获取了森林土壤样品和环境因子数据（土壤水分、盐分、ph等），并对土壤样品进行扩增子测序。现在，你已经获得了扩增子测序的原始数据，结合本课程所学的数据分析方法，你计划如何继续分析微生物群落结构、微生物相互作用和环境因子的影响？简述你的计划。
2、分别谈一谈本课程最能帮助到你的一点，和需要改进的一点。
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