2021-05-19 课程考核客观题1、下列关于生物数据库描述正确的是：
a、swiss-prot和trembl同属于uniprotkb，他们的区别是，前者是手动完成的注释，后者是自动完成的注释
b、pir、swiss-prot、trembl、pdb均属于蛋白质序列数据库
c、pdb、cath、ensemble这三个数据库都是蛋白质数据库
d、pir、swiss-prott、trembl均属于核苷酸序列数据库
2、以下哪个生物数据库提供信号传导通路信息？
a、pdb
b、kegg
c、omim
d、genbank
3、以下不是非冗余的蛋白质/核酸数据库的是：
a、refseq
b、uniprotkb swiss-prot
c、uniprotkb trembl
d、uniref
4、以下哪种方法解析的蛋白质结构不可以提交到pdb数据库？
a、冷冻电子显微镜技术
b、核磁共振法
c、x射线衍射法
d、计算方法预测的结构模型
5、以下关于转换和颠换描述错误的是？
a、g变t是转换
b、a变t是颠换
c、a变g是转换
d、g变c是颠换
6、假设两个蛋白质序列的相似度在20%左右，那么应该采用的pam矩阵是？
a、pam60
b、pam250
c、pam80
d、pam120
7、假设你有两条亲缘关系近的蛋白质序列。为了更好的比较它们，最好使用下列哪个blosum或pam矩阵？
a、blosum45或pam250
b、blosum45或pam10
c、blosum80或pam25
d、blosum10或pam25
8、关于tblastn描述正确的是：
a、火箭发射系统
b、蛋白质数据库
c、双序列比对工具
d、数据库中搜索相似序列的工具
9、要在核酸数据库查询一段与某dna序列可能编码的蛋白质最相似的序列，应选择：
a、tblastx
b、blastn
c、blastp
d、tblastn
10、两条序列，绝大部分区域都很相似，只是其中一条序列的一个功能区在另一条序列中是缺失的。如果想要通过双序列比对把这个功能区找出来，我们应该怎么设置gap？
a、gap_open小，gap_extend
b、gap_open大，gap_extend小
c、gap_open小，gap_extend
d、gap_open大，gap_extend
11、以下哪些不是解析蛋白质三级结构的实验方法？
a、x射线衍射法
b、核磁共振法
c、冷冻电子显微镜技术
d、从头计算法
12、全世界唯一存储生物大分子3d结构的数据库是：
a、pdb
b、uniprotkb
c、ensemble
d、pfam
13、从genbank的哪一项注释中可以找到关于编码蛋白的信息？
a、origin
b、rbs
c、source
d、cds
14、来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的同源蛋白属于？
a、异同源
b、分支同源
c、旁系同源
d、直系同源
15、c值悖理是指
a、基因组中a/t与c/g碱基对比例不同
b、基因组中a/t与c/g碱基随机分布比例不同
c、基因组大小与生物的复杂性不成比例
d、基因组大小与基因数目不成比例
16、人类x染色体的失活由以下哪种分子促发：
a、trna
b、mirna
c、lncrna
d、pirna
17、第二代测序技术利用了以下哪种原理
a、链终止法
b、边合成边测序
c、纳米孔法
d、单分子实时测序
18、目前广泛适应的crispr/cas9系统最初发现涉及以下哪种功能
a、原核生物的基因组的表达调控
b、原核生物基因组dna序列的定点突变
c、原核生物的dna免疫
d、清除原核生物基因组中的有害的基因
19、以下说法正确的是：
a、dna双螺旋大沟提供了更多的空间结构信息
b、不同物种简并密码子的使用频率相同
c、人类线粒体dna复制时采用双向复制叉复制
d、细胞间的异质性可以不能用单细胞测序来研究
20、符合“具有祖先基因的组成特点，具内含子和外显子以及突变失活”特点的假基因是
a、重复假基因
b、加工假基因
c、残缺假基因
d、单一假基因
21、对于genbank的一条数据库记录，只要版本号（version）增加，必然会产生一个新的gi号。
22、genbank数据库中的检索号（accession）和基因座名（locus）指的都是一条序列在数据库中的编号，他们永远都是相同的。
23、三种rna聚合酶是根据分子量大小命名的。
24、mirna来源于双链rna。
25、许多转录因子是以二聚体形式与dna调控区结合。
26、非正常mrna可能来源于发生点突变的假基因。
27、dna的降解具有方向性, 3’→5’ 和5’→3’ 的降解由不同的酶执行。
28、在查询dna编码序列同源性时通常更多参考氨基酸顺序一致性。
29、短臂交换率大于长臂。
30、假基因不能表达。
分析题1、用embl双序列比对工具（http://www.ebi.ac.uk/tools/psa）对下列两条序列作两次全局比对（needle算法），第一次设置gap open=10，gap extend=0.5；第二次设置gap open=1，gap extend=5。其他参数默认。给出两次序列比对结果页面屏幕截图。你觉得哪一次的序列比对的结果更佳，给出你的评判标准。 >seq_1 vkcrlnvllwyqdaygeveindgklydayvsysdcpedrkfvnfilkpqlerrrgyklflddrdllpraepsadllvnlsrcrrlivvlsdaflsrawcshsfreglcrlleltrrpifitfegqrrdpahpalrllrqhrhlvtlllwrpgsvtpssdfwkevqlalprkvqyrpvegdpqtqlqddkdpmlilrgrvpegral >seq_2 mlgqctqtwhrvrkttqeqlkrnvrfhafisysehdslwvknelipnlekedgsiliclyesyfdpgksisenivsfieksyksifvlspnfvqnewchyefyfahhnlfhensdhiilillepipfyciptryhklkallekkaylewpkdrrkcglfwanlraainvnvlatremyelqtftelneesrgstislmrtdcl
2、用ncbi的标准blast搜索swissprot数据库中与如下序列最相似的果蝇[drosophila melanogaster]的序列，给出操作过程及结果（屏幕截图即可）。 >seq 1 lyfdlpwyvrmlcqwtqtrhrarhipleelqrnlqfhafvsysghdsawvknellpnlekddiqiclhernfvpgksiveniinfieksyksifvlsphfiqsewchyelyfahhnlfhegsdnlilillapipqysiptnyhklktlmsrrtylewpteknkhglfwanlrasinvklvnqaegtcytqq
3、通过数据库查看下面这条蛋白质序列最有可能属于哪一个蛋白质家族？ >seq1 mkflsardfhpvaflglmlvtttafptsqvrrgdftedttpnrpvyttsqvgglithvlweivemrkelcngnsdcmnnddalaennlklpeiqrndgcyqtgynqeicllkissglleyhsyleymknnlkdnkkdkarvlqrdtetlihifnqevkdlhkivlptpisnalltdklesqkewlrtktiqfilksleeflkvtlrstrqt
4、toll样受体（tlr）是位于免疫细胞上的跨膜蛋白质，其在识别病原体和激活天然免疫应答方面发挥着主导作用。人体中共有10种不同的tlrs，所有tlrs从结构上都可以分为胞外域（ecd）和胞内域（tir）两个主要部分。ecd用于识别不同的病原物质，tir用于激活后的胞内信号传导，且可以激活不同的信号传导通路。请从数据库中检索至少3条人的tlrs的tir核苷酸及对应的蛋白质序列（以fasta格式保存），上传文档或截图。
5、利用在线或序列比对软件，分析以下3条序列两两之间的相似性是多少，根据它们的核苷酸序列，分别设计一对扩增片段长度为300 bp的引物。各步骤截图上传。 >seq1 masssapdenefqfgcppapcqdpseprvlcctaclsenlrddedricpkcradnlhpvspgspltqekvhsdvaeaeimcpfagvgcsfkgspqsmqeheatsqsshlylllavlkewksspgsnlgsapmalernlselqlqaaveatgdlevdcyrapccesqeelalqhlvkekllaqleeklrvfanivavlnkeveashlalaasihqsqldrehilsleqrvvelqqtlaqkdqvlgklehslrlmeeasfdgtflwkitnvtkrchesvcgrtvslfspafytakygyklclrlylngdgsgkkthlslfivimrgeydallpwpfrnkvtfmlldqnnrehaidafrpdlssasfqrpqsetnvasgcplffplsklqspkhayvkddtmflkcivdtsa >seq2 macedlcplpvtlgrqnssaavsldfvpkqeylfveqlqdrykcaschlvlhnphqtgcghrfcekcisnlielsetpqcpidmeniksheifkdncckrevlnllvycknspacdvkvmlgryqehlgqclyemtlcsndgchdqmirkelkghlesecklrqeaciyckqtmasinltihvglycqlypvpcpnacpvtcpraeldkhlcecpeaelqctfsnygcnvmvkrgkvkehedtflrdhmlyvlnrnmkleeqvlglqqnldlkehqiqqlsdtvkwcekechqfgqftgsngnslsstktlasyidksmwleeqviqlvskehsrldlrpildtlestkqrlstleaykdridnldgqfkkhdvllsnhkmqmtsneerfrlvegtsyngkliwkitdyerkkreamegravsifsqhfytswcgyrlcaraylngdgsgkgsflslyfvvmkgefdsillwpfkqkvtlmlldqsgkknhitdvfradpnsssfkrpdsemniasgcprfashaqlenpkngcyikddtlfikivvdltdleea >seq3 meravllcvvlllpcspaerqqgneeiesmisqlrhasaaevqslryckistpdllataqstanrvlqgvcnprelnerfaalqkqvvdqfnvlqsmvvsiedqlrtqdkqmkkhhsklrqaigsmrggsegadeagrgidffddlddlypsmsvnssgevvsprdteidrynstmhqedgwrvftyywrvrdinykmrnwggrrslrsesfyifqngyrmymriypnqrgenvyihvgltegdydanldwpfklkhrihildqgspsedivsrvwdptqlcsgwhwrrpesgdnyecvglgfeqlllrsrsyihddsivirltvflaq
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